متحف التاريخ الطبيعي في بغداد هو أحد متاحف العاصمة العراقية بغداد تأسس في عام 1946م، ويقع في منطقة باب المعظم في الرصافة، ويحتوي على العديد من المجسمات لحيوانات محنطة ومجموعات للحشرات والنباتات التي تمثل تاريخ الحياة الفطرية في العراق بشكل خاص. إضافة إلى أن المتحف يحتوي على مكتبة متخصصة بالتاريخ الطبيعي ومجموعة كبيرة من الكتب والمجلات العلمية.
افتتح المتحف في الثاني من شهر مايس عام 1946م، وهو ذكرى مولد الملك فيصل الثاني، في عهد المملكة العراقية،
تغيرت تسمية متحف التاريخ الطبيعي في عام 1962 إلى معهد التاريخ الطبيعي، وكان يضم مركزاً للبحوث ومتحفاً إلا أن ذلك لم يدم أكثر من سنة حيث تم الفصل مرة أخرى إلى متحف التاريخ الطبيعي وإلى مركز البحوث البيولوجية، وفي عام 1973 انتقلت بنايتهِ إلى مكان آخر في منطقة باب المعظم وسمي مركز بحوث التاريخ الطبيعي وارتبط إداريا بعمادة الدراسات العليا والبحث العلمي.
ضم المتحف أقساما مختلفة أسس بعضها عام 1946، ومنها الاتي:
المكتبةيحتوي المتحف على قسم المكتبة الذي أسس عام 1973 وفيهِ عددا من الكتب منها (20843) مجلدا و (400) مجلة علمية، وكذلك احتوت المكتبة على خرائط وميكروفيلم وميكروكارد وجهاز عرض وقراءة الشرائح المصورة لبعض الحيوانات. وتعمل المكتبة بنظام الونياسيس winises.
